Форма поиска

 

Выведение узлов tesla-18, tesla-24 гибридного кластера

Уважаемые пользователи РЦ «Вычислительный центр» СПбГУ!

По завершении ремонтных работ узлы гибридного кластера tesla-18, tesla-24 возвращены в эксплуатацию и работают в штатном режиме.

С Уважением, команда РЦ ВЦ. 

Обновление ПО в РЦ «Вычислительный центр СПбГУ»

Уважаемые пользователи РЦ «Вычислительный центр» СПбГУ!

Было обновлено следующее ПО:

Crystаl:

произведено обновление ПО до версии 17 1.0.2 (дата обновления 13.04.2018) для всеобщего использования. Помимо самого обновления программы, были существенно изменены скрипты запуска программы, упрощающие работу с программой на разных вычислителях, упрощающие работу с рабочими файлами (backup при запуске, нет привязки к конкретным директориям), а также позволяющие делать restart задач так, как это описано в официальной инструкции к программе. Программа теперь использует Intel MPI из недавно обновленного пакета Intel Parallel Studio XE 2018 Update 3. Работоспособность скомпилированного ПО была проверена на базе тестов от авторов и прошла без ошибок. ПО работоспособно на ВМ на базе CentOS 6 и 7 и на кластерах Т-Платформ, Hewlett-Packard, Huawei

 

Gromacs:

обновлены устаревшие скрипты запуска программы. На данный момент поддерживаемая в ВЦ версия Gromacs - 4.5.5. Обновление успешно протестировано на ВМ с CentOS 6 и 7, а также на кластерах Т-Платформ, Hewlett-Packard, Huawei.

Переход на последнюю версию программы запланирован на август 2018.

 

Ознакомиться с новыми инструкциями по использованию перечисленного Программного обеспечения вы можете на соответствующих страницах нашего сайта:

GROMACS

Crystal

 

С Уважением, команда РЦ ВЦ. 

Отключение серверов НР ProLiant DL980 G7

Уважаемые пользователи РЦ «Вычислительный центр» СПбГУ!

17.07.2018 сервера НР ProLiant DL980 G7 (bigsmp01, bigsmp02, bigsmp03), ранее предоставлявшиеся пользователям в монопольном режиме, будут отключены для проведения плановых работ. После возвращения в эксплуатацию, они будут объединены в гомогенный кластер (3 узла по 64 ядра и 1ТБ оперативной памяти). Доступ к новому кластеру будет предоставляться через систему очередей. Параметры очередей и правила подачи заявок будут обнародованы при вводе кластера в эксплуатацию.

С Уважением, команда РЦ ВЦ. 

Обновление пакетов программного обеспечения

Уважаемые пользователи РЦ «Вычислительный центр» СПбГУ!

Уважаемые пользователи РЦ ВЦ! В РЦ "Вычислительный центр СПбГУ" производятся работы по обновлению прикладного ПО. С сегодняшнего дня для наших пользователей становятся доступны в штатном режиме пакеты Mathematica в версии 11.2 и Gaussiаn в версии 16, Revision A.03

Mathematica 11.2: Версия 11.2 расширяет возможности системы Mathematica и языка Wolfram в таких областях, как обработка изображений и аудио, математические расчеты, обработка задач, машинное обучение и многое другое. Полный список новых возможностей доступен по ссылке:

https://wolfr.am/new-features-11-2 Для знакомства с основным функционалом и преимуществами новой версии рекомендуем ознакомиться с блогом Стивена Вольфрама:

https://wolfr.am/launching-11-2 Новая версия пакета для пользователей OS Linux доступна в стандартном каталоге ПО. Пользователям OS Windows для обновления версии программы необходимо обратиться в службу поддержки (support@cc.spbu.ru)

Gaussiаn 16: С полным списком нововведений в данной версии вы можете ознакомиться на официальной странице ПО - http://gaussian.com/gaussian16/ Применительно к работе с пакетом на ресурсах СПбГУ, важно отметить следующее:

  1. Gaussian 16 более оптимизирован под новые процессоры с новыми векторными инструкциями, в частности на ~30-50% быстрее работает на кластере Huawei в отличие от Gaussian 09, поэтому мы рекомендуем пользователям использующим Gaussian на кластере Huawei перейти на новую версию (см. http://gaussian.com/g09def/)
  2. Предпочтительно использовать гибридную схему запуска Gaussian (SMP+Linda) в зависимости от нагрузки на кластер (см. http://gaussian.com/running/).
  3. При расчете на кластерах количество оперативной памяти вычисляется автоматически при запуске скрипта, в зависимости от запрошенного числа ядер CPU.
  4. НЕЛЬЗЯ использовать свои директивы %Mem, %NProcShared и подобные во входных файлах! В среднем, не рекомендуется использовать в сумме больше 48 ядер CPU, так как многопоточная эффективность большинства алгоритмов существенно снижается при большем числе CPU. Для справки рекомендуется посмотреть: https://www.sgi.com/pdfs/4371.pdf.
  5. Для более эффективного распределения ресурсов кластера Huawei, рекомендуется использовать число CPU на каждом узле кратным 6. Если для расчета требуется больше 4 Gb оперативной памяти на одно ядро CPU, то лучше использовать SMP-кластер. Количество необходимой оперативной памяти для конкретной задачи можно оценить, например, с помощью утилиты freqmem (http://gaussian.com/freqmem/)

Инструкция для пользователей по использованию новой версии добавлен на сайт РЦ "Вычислительный центр СПбГУ" - http://www.cc.spbu.ru/ru/content/gaussian. Возможность эффективного применения графических ускорителей (GPU) для расчетов на G16 сейчас тестируется и в штатном режиме пока не доступна. На очереди - обновление версии пакета COMSOL Multiphysics до версии 5.3. О завершении работ будет объявлено дополнительно. С Уважением, команда РЦ ВЦ. 

 

ИТ-инфраструктура ВЦ – это мощный комплекс вычислительных систем, систем хранения и сетевого оборудования с большим количеством информационных и вычислительных сервисов и соответствующего программного обеспечения.
 
 

 

Использование РЦ  "Вычислительный центр СПбГУ" в рамках сервисной модели построения ИТ-инфраструктуры означает - выделение ресурсов по требованию и обеспечение качества обслуживания на согласованном уровне. Работа Центра ориентирована на предоставление услуг с помощью Интернета.