Abinit

Описание

Название	Версия	Дата установки
Abinit	6.8.1	01.12.2011
Abinit	8.6.3	28.02.2018

Abinit — свободное ПО, распространяемое по GNU General Public License3 и предназначенное для расчётов полной энергии, электронной плотности и т. д. систем электронов и ядер (с использованием периодических граничных условий) в рамках метода функционала плотности с использованием базиса из плоских волн и псевдопотенциалов. Abinit позволяет оптимизировать геометрию системы, минимизируя силы или напряжения, проводить молекулярно-динамическое моделирование, вычислять распределение электронной плотности, определять динамическую матрицу, эффективный заряд и многое другое.

Для получения доступа к ПО необходимо подать заявку на иссследование через систему Научного Парка СПбГУ. Процедура получения доступа к ПО более подродно описана в разделе "Информация для пользователей".

Пользователи РЦ ВЦ, имеющим ВМ Linux, имеют доступ к данному ПО по умолчанию.

Ограничения пакета

Лицензия	Исходный код	Макс. число процесс. ядер	Макс. число пользователей
Бесплатная	Открытый	Не ограничено	Не ограничено

Бесплатная лицензия. Нет ограничений на число процессорных ядер и число пользователей.

Ограничения сервиса

Ресурс	Расположение
Ресурс	Версия 6.8.1	Версия 8.6.3
Виртуальная машина	/usr/local/abinit-6.8.1/
Виртуальный кластер VM	/usr/local/abinit-6.8.1/
Кластер Т-Платформы	/usr/local/abinit-6.8.1/
Кластер Huawei		/usr/local/abinit-8.6.3
SMP - кластер	(не доступен)
Гибридный кластер	(не доступен)

В данный момент сервис доступен лишь на кластере Т-Платформы, виртуальном кластере и на персональных виртуальных машинах пользователей. Ограничения отдельных кластеров и их очередей указаны на соответствующих страницах (ссылка в столбце "Ресурс").

Запуск версии 8.6.3 на Huawei (примеры)

Cкрипт запуска:

/mnt/rhel-6/submit/hcluster/submit-abinit-8.6.3.sh

Запуск расчетов:

Запуск тестовой задачи abinit на 24-х ядрах

$ cd examples/
$ cd abinit01/
$ ll
total 1
-rw-r--r-- 1 zar users 167 Aug 24 15:22 tparal_1.files

$ /mnt/rhel-6/submit/hcluster/submit-abinit-8.6.3.sh ./tparal_1.files 24 ./log
10876.pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru

$ qstat

pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru:
                                                                        Req'd  Req'd   Elap
Job ID               Username Queue    Jobname          SessID NDS   TSK Memory Time  S Time
-------------------- -------- -------- ---------------- ------ ----- --- ------ ----- - -----
10876.pbs-tp.hpc     zar      long     abinit.131418499    --     24  --    --  48:00 R   --
  node-ib-47/7+node-ib-47/6+node-ib-47/5+node-ib-47/4+node-ib-47/3
  +node-ib-47/2+node-ib-47/1+node-ib-47/0+node-ib-46/7+node-ib-46/6
  +node-ib-46/5+node-ib-46/4+node-ib-46/3+node-ib-46/2+node-ib-46/1
  +node-ib-46/0+node-ib-32/7+node-ib-32/6+node-ib-32/5+node-ib-32/4
  +node-ib-32/3+node-ib-32/2+node-ib-32/1+node-ib-32/0

Среди созданных фалов будут созданы следующие: tparal_1.out - результат log - аутпут работы команды по которому Вы можете следить за работой в процессе. Обязательным параметром является только первый - с перечислением входных и выходных файлов. Кол-во ядер по умолчанию - 1 , очередь - long, лог пишеться в аутпут (abinit.1314184998.o10876)

Сам собранный пакет расположен /usr/local/abinit-8.6.3 Исполняемый файл /usr/local/abinit-8.6.3/bin/abinit

Как воспользоваться старым сервисом (примеры)

Тестовые скрипты:

~/submit-abinit.sh

Запуск расчетов:

Запуск тестовой задачи abinit на 24-х ядрах

$ cd examples/
$ cd abinit01/
$ ll
total 1
-rw-r--r-- 1 zar users 167 Aug 24 15:22 tparal_1.files
$ ~/submit-abinit.sh ./tparal_1.files 24 ./log long
10876.pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru
$ ~/status-tp -a

pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru:
                                                                        Req'd  Req'd   Elap
Job ID               Username Queue    Jobname          SessID NDS   TSK Memory Time  S Time
-------------------- -------- -------- ---------------- ------ ----- --- ------ ----- - -----
10876.pbs-tp.hpc     zar      long     abinit.131418499    --     24  --    --  48:00 R   --
  node-ib-47/7+node-ib-47/6+node-ib-47/5+node-ib-47/4+node-ib-47/3
  +node-ib-47/2+node-ib-47/1+node-ib-47/0+node-ib-46/7+node-ib-46/6
  +node-ib-46/5+node-ib-46/4+node-ib-46/3+node-ib-46/2+node-ib-46/1
  +node-ib-46/0+node-ib-32/7+node-ib-32/6+node-ib-32/5+node-ib-32/4
  +node-ib-32/3+node-ib-32/2+node-ib-32/1+node-ib-32/0

Сам собранный пакет расположен /usr/local/abinit-6.8.1/ Исполняемый файл /usr/local/abinit-6.8.1/bin/abinit

Параллельную версию следует использовать с mpich2 , собранный с Intel® Composer XE 2011. Поэтому, если Вы будете самостоятельно собирать скрипты для abint - используйте пути: MPICH2_PREFIX=/usr/local/mpich2-1.4.INT.20110813/ INTEL_PREFIX=/usr/local/intel

Ссылки

Ссылка	Описание
http://www.abinit.org/	Официальный сайт
http://www.abinit.org/documentation/	Документация

Форма поиска

Abinit

Описание

Ограничения пакета

Ограничения сервиса

Cкрипт запуска:

Запуск расчетов:

Запуск тестовой задачи abinit на 24-х ядрах

Тестовые скрипты:

Запуск расчетов:

Запуск тестовой задачи abinit на 24-х ядрах