Cкрипт запуска:

• /mnt/rhel-6/submit/hcluster/submit-abinit-8.6.3.sh

Запуск расчетов:

Запуск тестовой задачи abinit на 24-х ядрах

$ cd examples/
$ cd abinit01/
$ ll
total 1
-rw-r--r-- 1 zar users 167 Aug 24 15:22 tparal_1.files

$ /mnt/rhel-6/submit/hcluster/submit-abinit-8.6.3.sh ./tparal_1.files 24 ./log
10876.pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru

$ qstat

pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru:
                                                                        Req'd  Req'd   Elap
Job ID               Username Queue    Jobname          SessID NDS   TSK Memory Time  S Time
-------------------- -------- -------- ---------------- ------ ----- --- ------ ----- - -----
10876.pbs-tp.hpc     zar      long     abinit.131418499    --     24  --    --  48:00 R   --
  node-ib-47/7+node-ib-47/6+node-ib-47/5+node-ib-47/4+node-ib-47/3
  +node-ib-47/2+node-ib-47/1+node-ib-47/0+node-ib-46/7+node-ib-46/6
  +node-ib-46/5+node-ib-46/4+node-ib-46/3+node-ib-46/2+node-ib-46/1
  +node-ib-46/0+node-ib-32/7+node-ib-32/6+node-ib-32/5+node-ib-32/4
  +node-ib-32/3+node-ib-32/2+node-ib-32/1+node-ib-32/0

Среди созданных фалов будут созданы следующие: tparal_1.out - результат log - аутпут работы команды по которому Вы можете следить за работой в процессе. Обязательным параметром является только первый - с перечислением входных и выходных файлов. Кол-во ядер по умолчанию - 1 , очередь - long, лог пишеться в аутпут (abinit.1314184998.o10876)

Сам собранный пакет расположен /usr/local/abinit-8.6.3 Исполняемый файл /usr/local/abinit-8.6.3/bin/abinit

Тестовые скрипты:

• ~/submit-abinit.sh

Запуск расчетов:

Запуск тестовой задачи abinit на 24-х ядрах

$ cd examples/
$ cd abinit01/
$ ll
total 1
-rw-r--r-- 1 zar users 167 Aug 24 15:22 tparal_1.files
$ ~/submit-abinit.sh ./tparal_1.files 24 ./log long
10876.pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru
$ ~/status-tp -a

pbs-tp.hpc.cc.spbu.ru:
                                                                        Req'd  Req'd   Elap
Job ID               Username Queue    Jobname          SessID NDS   TSK Memory Time  S Time
-------------------- -------- -------- ---------------- ------ ----- --- ------ ----- - -----
10876.pbs-tp.hpc     zar      long     abinit.131418499    --     24  --    --  48:00 R   --
  node-ib-47/7+node-ib-47/6+node-ib-47/5+node-ib-47/4+node-ib-47/3
  +node-ib-47/2+node-ib-47/1+node-ib-47/0+node-ib-46/7+node-ib-46/6
  +node-ib-46/5+node-ib-46/4+node-ib-46/3+node-ib-46/2+node-ib-46/1
  +node-ib-46/0+node-ib-32/7+node-ib-32/6+node-ib-32/5+node-ib-32/4
  +node-ib-32/3+node-ib-32/2+node-ib-32/1+node-ib-32/0

Среди созданных фалов будут созданы следующие: tparal_1.out - результат log - аутпут работы команды по которому Вы можете следить за работой в процессе. Обязательным параметром является только первый - с перечислением входных и выходных файлов. Кол-во ядер по умолчанию - 1 , очередь - long, лог пишеться в аутпут (abinit.1314184998.o10876)

Сам собранный пакет расположен /usr/local/abinit-6.8.1/ Исполняемый файл /usr/local/abinit-6.8.1/bin/abinit

Параллельную версию следует использовать с mpich2 , собранный с Intel® Composer XE 2011. Поэтому, если Вы будете самостоятельно собирать скрипты для abint - используйте пути: MPICH2_PREFIX=/usr/local/mpich2-1.4.INT.20110813/ INTEL_PREFIX=/usr/local/intel