GROMACS
|
GROMACS – программное обеспечение для моделирования динамики крупных молекулярных систем (от тысяч до миллионов частиц), основанное на решении уравнений движения классической механики. Ориентирован преимущественно для моделирования биомолекул, таких как белки, жиры, нуклеиновые кислоты, имеющих много связанных взаимодействий между атомами |
 |
| Доступные версии | Дата установки | Комментарии |
| 2019.4 | 21 Ноября 2019 | GROMACS 2019.4 Release Notes |
| 2018.2 | 15 Октября 2018 | GROMACS 2018.2 Release Notes |
| 4.5.5 | 1 Декабря 2011 | Устарело. Со стороны разработчика не поддерживается |
Условия предоставления сервиса
Для получения доступа к сервису необходимо подать заявку на исследование через систему Научного Парка СПбГУ. Процедура подачи заявки более подробно описана в разделе "Информация для пользователей"
| Доступные платформы | Поддержка версий | Комментарий |
|
Виртуальная машина (на базе Linux) |
2019.4 2018.2 4.5.5 (устарело) |
Данная платформа предназначена для хранения данных, подготовки входных файлов и анализа результатов расчетов. Не рекомендуется использовать для регулярных расчетов, так как на данной платформе вычисления на графических платах (GPU) не поддерживаются, а число ядер CPU ограничено |
| Кластер Hewlett-Packard | 2018.2 |
Доступные очереди: gpu3, gpu8 Предназначена для проведения расчетов молекулярной динамики с использованием GPU |
| Кластер Huawei |
2019.4 2018.2 |
Доступные очереди: gpu Предназначена для проведения расчетов молекулярной динамики с использованием GPU. Поддерживает GROMACS версий старше 2018 |
| Кластер DS |
2019.4 2018.2 |
Предоставляется в рамках монопольного доступа на определенное время Платформа предназначена для длительных ресурсоемких расчетов молекулярной динамики с использованием GPU NVIDIA P100. Поддерживает GROMACS версий старше 2018 |
GROMACS доступен и на других платформах Центра: Huawei RH8100 V3, Huawei RH5885 V3 и кластер Т-Платформ, но без использования GPU и по причине существенно более низкой производительности не рекомендуется для расчетов на этих платформах
Лицензионные ограничения
GROMACS является бесплатным свободно-распространяемым ПО. Разработка и развитие проекта осуществляется Сообществом Разработчиков Свободного Программного Обеспечения во главе с группой из Science for Life Laboratory (Стокгольм, Швеция). При публикации работ, выполненных с помощью GROMACS, следует цитировать ключевые публикации разработчиков, согласно описанию в официальном руководстве пользователя. Возможно использование программы в комерческих проектах и исследованиях, но при соблюдении условий лицензии GNU LGPL 2.1
| Лицензия | Исходный код |
Макс. число CPU ядер |
Макс. число пользователей |
|
Свободно распространяемое ПО (GNU LGPL 2.1) |
Открытый | Не ограничено | Не ограничено |
Как воспользоваться сервисом
Версия 2019.4
Инструкция по использованию GROMACS 2019.4 в среде Вычислительного Центра
Официальное руководство пользователя GROMACS 2019.4 (PDF-версия)
Версия 2018.2
Инструкция по использованию GROMACS 2018.2 в среде Вычислительного Центра
Официальное руководство пользователя GROMACS 2018.2 (PDF-версия)
Версия 4.5.5
Инструкция по использованию GROMACS 4.5.5 в среде Вычислительного Центра
Официальное руководство пользователя GROMACS 4.5.4