Форма поиска

 

GROMACS

GROMACS – программное обеспечение для моделирования динамики крупных молекулярных систем (от тысяч до миллионов частиц), основанное на решении уравнений движения классической механики. Ориентирован преимущественно для моделирования биомолекул, таких как белки, жиры, нуклеиновые кислоты, имеющих много связанных взаимодействий между атомами
Вычислительный Центр Научного Парка СПбГУ предоставляет несколько платформ для проведения расчетов различной сложности и длительности, в том числе с применением графических ускорителей

Официальный сайт программы

Доступные версии Дата установки Комментарии
2018.2 15 Октября 2018 GROMACS 2018.2 Release Notes
4.5.5 1 Декабря 2011 Устарело. Со стороны разработчика не поддерживается

 

Условия предоставления сервиса

Для получения доступа к сервису необходимо подать заявку на исследование через систему Научного Парка СПбГУ. Процедура подачи заявки более подробно описана в разделе "Информация для пользователей"

 

Доступные платформы Поддержка версий Комментарий
Виртуальная машина
(на базе Linux)
2018.2
4.5.5 (устарело)
Данная платформа предназначена для хранения данных, подготовки входных файлов и анализа результатов расчетов. Не рекомендуется использовать для регулярных расчетов, так как на данной платформе вычисления на графичиских платах (GPU) не поддерживаются, а число ядер CPU ограничено
Кластер Hewlett-Packard 2018.2 Доступные очереди: gpu3, gpu8
Предназначена для проведения расчетов молекулярной динамики с использованием GPU

GROMACS 2018 также доступен на платформах Huawei RH8100 V3, Huawei RH5885 V3, кластере DS, кластере Huawei и кластере Т-Платформ по отдельному предварительному согласованию с директором Вычислительного Центра

 

Лицензионные ограничения

GROMACS является бесплатным свободно-распространяемым ПО. Разработка и развитие проекта осуществляется Сообществом Разработчиков Свободного Программного Обеспечения во главе с группой из Science for Life Laboratory (Стокгольм, Швеция). При публикации работ, выполненных с помощью GROMACS, следует цитировать ключевые публикации разработчиков, согласно описанию в официальном руководстве пользователя. Возможно использование программы в комерческих проектах и исследованиях, но при соблюдении условий лицензии GNU LGPL 2.1

Лицензия Исходный код Макс. число
CPU ядер
Макс. число пользователей
Свободно распространяемое ПО
(GNU LGPL 2.1)
Открытый Не ограничено Не ограничено

 

Как воспользоваться сервисом

Версия 2018.2
Инструкция по использованию GROMACS 2018.2 в среде Вычислительного Центра
Официальное руководство пользователя GROMACS 2018.2 (PDF-версия)

Версия 4.5.5
Инструкция по использованию GROMACS 4.5.5 в среде Вычислительного Центра
Официальное руководство пользователя GROMACS 4.5.4