Вначале выполните две команды для установки переменных окружения:

export g09root="/usr/local/Gaussian/current-sse4_2"
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

Также задайте scratch-директорию (для хранения временных файлов, создаваемых в процессе расчетов и удаляемых по окончании расчетов). В случае расчетов на виртуальной машине scratch-директория должна располагаться в одной из поддиректорий домашнего каталога (~/) Например:

mkdir ~/tmp
export GAUSS_SCRDIR="/home/$USER/tmp"

(команда "mkdir ~/tmp" нужна лишь для случая, когда директория ~/tmp еще не создана).

Теперь, когда окружение настроено, можно запускать расчеты:

g09 <входной_файл>

Где <входной_файл> - файл, содержащий параметры задачи (с расширением .com). Результаты расчетов будут записаны в файл с расширением .log.

К примеру, пусть мы запускаем задачу test164.com:

cp /usr/local/submit/examples/g03/test164.com ~/
g09 ~/test164.com

Результаты буду записаны в файл test164.log, он будет расположен в той же директории, что и файл с заданием - ~/ (мы скопировали файл с заданием из /usr/local/submit/examples/g03/ в домашний каталог).

Можно использовать и другую форму для запуска расчетов:

g09 < <входной_файл> > <выходной_файл>

В этом случае Gaussian получит данные из файла <входной_файл> и запишет результат в <выходной_файл>. Данная форма запуска аналогична предыдущей за исключением того, что мы явно указываем файл для записи результата.

Приведем пример:

g09 < /usr/local/submit/examples/g03/test164.com > ~/result_1.txt

В указанном варианте будет запущена задача test164.com, результаты расчетов будут записаны в файл ~/result_1.txt .

Различные тестовые примеры расположены в папке:

/usr/local/Gaussian/current-sse4_2/g09/tests/com/

Для выполнения параллельных расчетов <входной_файл> с данными для Gaussian (обычно  с расширеним .com) необходимо отредактировать. Добавьте в самое начало файла следующую строку:

%NProcShared=<число_процессов>

В качестве параметра <число_процессов> вы можете указать значение, не превышающее числа ядер вашей виртуальной машины. Этот параметр соответствует числу параллельных процессов Gaussian, запускаемых одновременно. В данном случае используется SMP-параллелизм (без использования Linda).

Прежде чем приступать к расчетам, выполните две команды для установки переменных окружения:

export g09root="/usr/local/Gaussian/current-sse4_2"
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

Также задайте scratch-директорию (для хранения временных файлов, создаваемых в процессе расчетов и удаляемых по окончании расчетов). В случае расчетов на виртуальной машине scratch-директория должна располагаться в одной из поддиректорий домашнего каталога (~/) Например:

mkdir ~/tmp
export GAUSS_SCRDIR="~/tmp"

(команда "mkdir ~/tmp" нужна лишь для случая, когда директория ~/tmp еще не создана).

Теперь, когда окружение настроено, можно запускать расчеты:

g09 <входной_файл>

В данном случае будут выполняться параллельные расчеты с использованием технологии Linda (виртуальная общая память).

Для начала работы с Gaussian на кластере Т-Платформы нужно добавить следующую строчку в файл ~/.bashrc:

source /usr/local/submit/.bashrc.gaussian

Содержимое файла /usr/local/submit/.bashrс.gaussian:

export g09root="/usr/local/Gaussian/current-legacy"
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_LFLAGS='-opt "Tsnet.Node.lindarsharg: ssh"'
export GAUSS_SCRDIR="/tmp"

Замечаение: при возникновении ошибок, связанных с нехваткой места на диске, следует изменить scratch-директорию (задать значение переменной GAUSS_SCRDIR в файле ~/.bashrс после source /usr/local/submit/.bashr.gaussian) с "/tmp" на какую-либо поддиректорию домашнего каталога (~/), например:

export GAUSS_SCRDIR="~/tmp"

(разумеется, указанная директория должна существовать, если ее нет, создайте ее с помощью команды "mkdir ~/tmp").

Для запуска задачи можно использовать скрипт /usr/local/submit/submit-gaussian.sh , необходимо выполнить следующую команду:

/usr/local/submit/submit-gaussian.sh <число_ядер> <входной_файл>

Здесь <число_ядер> - число процессорных ядер, запрашиваемое для расчетов, <входной_файл> - файл задачи с данными для Gaussian (с расширением .com).

Внимание! Файл задачи (<входной_файл>) НЕ должен содержать директив для распараллеливания (вроде %NProcShared и %LindaWorkers). Параметры для запуска параллельных вычислений рассчитываются автоматически: вы лишь указываете число ядер, и требуемые параметры записываются в файл Default.Router, создаваемый скриптом /usr/local/submit/submit-gaussian.sh в рабочей директории. По окончании расчетов файл Default.Router будет автоматически удален.

Для расчетов создается рабочая директория в папке ~/Gaussian (если папки ~/Gaussian нет, она также будет создана). Скрипт "/usr/local/submit/submit-gaussian.sh" выведет имя рабочей директории, используемой для расчетов. Имя рабочей директории выглядит следующим образом:

~/Gaussian/<имя_входного_файла>-<дата_запуска>-<время_запуска>-<миллисекунды>

В эту директорию будет скопирован входной файл, там же будет храниться и log-файл с результатами расчетов. Результаты  будут записаны в файл с тем же именем, что и файл задачи (<входной_файл>), однако, с расширением ".log" .

Пример запуска тестовой задачи на 4 ядрах:

/usr/local/submit/submit-gaussian.sh 4 /usr/local/Gaussian/tests/test.com

Скрипт "submit-gaussian.sh" выполнит все подготовительные действия (создание рабочей директории, копирование входного файла и т.д.), поставит задачу в очередь "long" на кластере Т-Платформы и выведет примерно следующую строку:

Working directory: /home/gajduchok/Gaussian//test-20121125-193251-857

Это рабочая директория, созданная скриптом, в которой по окончании расчетов будут храниться результаты (файл с расширением ".log").

Gaussian.o42987
Gaussian.e42987

В них будут содержаться стандартный вывод программы и ошибки (если есть).

Да, иногда в файле с ошибками могут появляться строки вида:

eval server 0 on node-ib-19.tp.hpc.cc.spbu.ru has dropped it's connection.
subprocess pid = 998 has exited. status = 0x0000, id = 0, state = 17.

Не стоит обращать на них внимания - в данном случае они лишь информируют пользователя о том, что работа Linda успешно завершена (status = 0x0000), а Gaussian продолжает работу.

В данном случае мы будем использовать технологию Linda для объединения отдельных узлов, а в пределах каждого узла будет использован SMP-параллелизм. Данный подход делает параллельные расчеты еще более эффективными (http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/m_linda.htm), время выполнения задачи сокращается, однако, в этом случае задачи могут дольше простаивать в очереди (задачи распределяются равномерно по узлам, но в данном случае нам требуется как можно больше ядер на каждом из узлов, поэтому задача будет проистаивать в очереди до тех пор, пока не появятся узлы с требуемым числом свободных ядер).

Для начала работы с Gaussian на кластере Т-Платформы нужно изменить файл ~/.bashrc так же, как и в предыдущем случае (обратите внимание на scratch-директорию для расчетов).

Для использования данного подхода написан скрипт /usr/local/submit/submit-gaussian-smp.sh.

Для запуска задачи необходимо выполнить следующую команду:

/usr/local/submit/submit-gaussian-smp.sh <число_узлов> <число_ядер_на_узел> <входной_файл>

Здесь <число_узлов> - требуемое число узлов кластера для расчетов, <число_ядер_на_узел> - число ядер на каждом узле, которые будут использоваться для расчетов, <входной_файл> - файл задачи с данными для Gaussian (с расширением .com).

Внимание! Файл задачи (<входной_файл>) НЕ должен содержать директив для распараллеливания (вроде %NProcShared и %LindaWorkers). Параметры для запуска параллельных вычислений рассчитываются автоматически: вы лишь указываете число ядер, и требуемые параметры записываются в файл Default.Router, создаваемый скриптом submit-gaussian-smp.sh в рабочей директории. По окончании расчетов файл Default.Router будет автоматически удален.

Для расчетов создается рабочая директория в папке ~/Gaussian (если папки ~/Gaussian нет, она также будет создана). Скрипт "/usr/local/submit/submit-gaussian-smp.sh" выведет имя рабочей директории, используемой для расчетов. Имя рабочей директории выглядит следующим образом:

~/Gaussian/<имя_входного_файла>-<дата_запуска>-<время_запуска>-<миллисекунды>

В эту директорию будет скопирован входной файл, там же будет храниться и log-файл с результатами расчетов. Результаты  будут записаны в файл с тем же именем, что и файл задачи (<входной_файл>), однако, с расширением ".log" .

Пример запуска тестовой задачи на 2 узлах с использованием 4 ядер на каждом узле (итого 8 ядер):

/usr/local/submit/submit-gaussian-smp.sh 2 4 /usr/local/Gaussian/tests/test.com

Скрипт "submit-gaussian-smp.sh" выполнит все подготовительные действия (создание рабочей директории, копирование входного файла и т.д.), поставит задачу в очередь "long" на кластере Т-Платформы и выведет примерно следующую строку:

Working directory: /home/gajduchok/Gaussian//test-20121125-193251-857

Это рабочая директория, созданная скриптом, в которой по окончании расчетов будут храниться результаты (файл с расширением ".log").

Gaussian.o42987
Gaussian.e42987

В них будут содержаться стандартный вывод программы и ошибки (если есть).

Да, иногда в файле с ошибками могут появляться строки вида:

eval server 0 on node-ib-19.tp.hpc.cc.spbu.ru has dropped it's connection.
subprocess pid = 998 has exited. status = 0x0000, id = 0, state = 17.

Не стоит обращать на них внимания - в данном случае они лишь информируют пользователя о том, что работа Linda успешно завершена (status = 0x0000), а Gaussian продолжает работу.

ПРЕДОСТЕРЕЖЕНИЕ: не стоит резервировать по 8 ядер на узел. Так, следующая задача, скорее всего, будет очень долго стоять в очереди:

/usr/local/submit/submit-gaussian-smp.sh 4 8 /usr/local/Gaussian/tests/test.com

Как уже говорилось, задачи равномерно распределяются по узлам, поэтому вариант, когда 4 узла совершенно свободны, встречается довольно редко. Если для задачи требуется 32 ядра, то лучше запустить ее с использованием скрипта /usr/local/submit/submit-gaussian.sh:

/usr/local/submit/submit-gaussian-smp.sh 32 /usr/local/Gaussian/tests/test.com

В этом случае использование всех ядер на узле не требуется и задача получит ресурсы намного быстрее.

Для выполнения параллельных расчетов <входной_файл> с данными для Gaussian (обычно  с расширеним .com) необходимо отредактировать. В самое начало файла нужно добавить следующие строки:

%NProcShared=<число_процессов>
%LindaWorkers=<ВМ1>,<ВМ2>,<ВМ3>...

Параметр %NProcShared соответствует числу процессов, запускаемых на каждой ВМ. В качестве значения параметра  %LindaWorkers нужно указать список ip-адресов ВМ, на которых будут проводиться расчеты.

Также требуется изменить файл ~/.bashrc . Об этом рассказно в разделе "Запуск расчетов на кластере Т-Платформы".

Кроме этого потребуется беспарольный доступ с главной ВМ (на которой пользователь выполняет команду "g09") на все остальные ВМ, участвующие в вычислениях. Для обеспечения беспарольного доступа зайдите на главную ВМ (та ВМ, на которой вы планируете запускать команду "g09") и выполните следующую команду для всех ВМ, указанных в %LindaWorkers:

ssh-copy-id <ip-адрес-ВМ>

(вместо ip-адреса можно указать имя машины).

Если выполнение команды "ssh-copy-id" завершается ошибкой вроде "No identities found", то вам нужно выполнить команду:

ssh-keygen -t rsa -N "" -f ~/.ssh/id_rsa

И после этого выполнить "ssh-copy-id" для всех ВМ, задействованных в вычислениях.

Запуск расчетов осуществляется следующим образом:

g09 <входной_файл>

(команда запускается на главной ВМ (ВМ, на которой выполнялась команда "ssh-copy-id")).

Вы можете использовать GaussView (графический интерфейс Gaussian) на вашей виртуальной машине.

Для установки переменных окружения выполните следующие команды:

export g09root="/usr/local/Gaussian/current-sse4_2"
source $g09root/g09/bsd/g09.profile

Задайте scratch-директорию, как указано в данном разделе.

Собственно запуск GaussView осуществляется следующим образом:

/usr/local/Gaussian/current-sse4_2/gv/gview &

Замечание: для передачи графического траффика при подключении по ssh необходимо указать опцию "-X". Как альтернативу ssh, вы можете использовать FreeNX или VNC для удаленного доступа к ВМ.