Руководство по использованию

Прежде всего добавьте в файл "~/.bashrc" следующую строчку:

source /usr/local/ipsxece/ipsxece_2018_u3/mkl/bin/mklvars.sh intel64

source /usr/local/ipsxece/ipsxece_2018_u3/impi/2018.3.222/bin64/mpivars.sh

Затем выполните команду:

source ~/.bashrc

Для запуска расчетов на виртуальной машине запустите расчет задачи с помощью команды "mpirun" :

mpirun -np <число_ядер> <программа> <опции>

(здесь <программа> - одна из программ, входящих в пакет Quantum Espresso)

Пример:

mpirun -np 2 /usr/local/qe/6.2.0/ips18-all-O3-rhel6/NEB/src/neb.x \ 
             -input /usr/local/hpc/testfiles/qe/H2+H.in

Обратите внимание, что для временных файлов по умолчанию выбрана директория "/tmp/QuantumEspresso/", для того чтобы изменить временную директорию, задайте переменную окружения "ESPRESSO_TMPDIR". Однако директория для временных файлов может быть задана и в файле задачи (переменная "outdir"): так, если во входном файле задачи (с расщирением ".in") задана переменная "outdir", то значение переменной окружения "ESPRESSO_TMPDIR" будет проигнорировано (будет использована та директория, что указана в "outdir").

Тестовые скрипты:

• /mnt/rhel-6/submit/hcluster/submit-qe-6.2.0.sh

Запуск расчетов:

Последняя версия Quantum Espresso находится в директории /usr/local/qe/6.2.0/ips18-all-O3-rhel6/ .

Для запуска задачи Quantum Espresso выполните следующую команду:

 /usr/local/hpc/qe/submit-qe-6.2.0.sh <число_ядер> <программа> [опции]

Здесь "<число_ядер>" - число ядер кластера, которые будут задействованы для задачи, <программа> - одна из программ, входящих в пакет Quantum Espresso (указывайте лишь имя программы, без полного пути - он будет добавлен автоматически), [опции] - те параметры, что будут переданы программе.

Пожалуй, самым важным из них является параметр "-input <входной_файл>", он задает непосредственно входной файл задачи.

В качестве примера возьмем тестовую задачу, расположенную в директории "/usr/local/hpc/testfiles/qe". Запустим ее на кластере:

 /usr/local/hpc/qe/submit-qe-6.2.0.sh 4 neb.x -input /usr/local/hpc/testfiles/qe/H2+H.in

Обращаем внимание, что <программа> (neb.x) записывается без указания полного пути до нее (он будет добавлен автоматически).

В директории, где была выполнена эта команда, по окончании вычислений будут располагаться файлы вида:

QuantumEspresso.o<id_задачи>
QuantumEspresso.e<id_задачи>

Например,

QuantumEspresso.o48766
QuantumEspresso.e48766 

В этих файлах содержится стандартный вывод программы (собственно, результаты расчетов) и ошибки (если таковые были) соответственно.

Прежде всего добавьте в файл "~/.bashrc" следующую строчку:

source /usr/local/submit/.bashrc.intel.tp

Затем выполните команду:

source ~/.bashrc

Для запуска расчетов на виртуальной машине запустите расчет задачи с помощью команды "mpirun" :

/usr/local/intel/impi/4.0.3.008/bin/mpirun -np <число_ядер> <программа> <опции>

(здесь <программа> - одна из программ, входящих в пакет Quantum Espresso)

Пример:

/usr/local/intel/impi/4.0.3.008/bin/mpirun -np 2 /usr/local/QuantumEspresso/espresso/bin/neb.x \
               -input /usr/local/submit/examples/QuantumEspresso/H2+H.in

Обратите внимание, что для временных файлов по умолчанию выбрана директория "/tmp/QuantumEspresso/", для того чтобы изменить временную директорию, задайте переменную окружения "ESPRESSO_TMPDIR". Однако директория для временных файлов может быть задана и в файле задачи (переменная "outdir"): так, если во входном файле задачи (с расщирением ".in") задана переменная "outdir", то значение переменной окружения "ESPRESSO_TMPDIR" будет проигнорировано (будет использована та директория, что указана в "outdir").

Тестовые скрипты:

• /usr/local/submit/submit-quantum-espresso.sh

Запуск расчетов:

Последняя версия Quantum Espresso находится в директории /usr/local/QuantumEspresso/espresso .

Для использования Quantum Espresso прежде всего добавьте в файл ~/.bashrc следующую строчку:

source /usr/local/submit/.bashrc.intel.tp

Для запуска задачи Quantum Espresso выполните следующую команду:

/mnt/rhel-6/submit/tpcluster/submit-quantum-espresso.sh <число_ядер> <программа> [опции]

Здесь "<число_ядер>" - число ядер кластера, которые будут задействованы для задачи, <программа> - одна из программ, входящих в пакет Quantum Espresso (указывайте лишь имя программы, без полного пути - он будет добавлен автоматически), [опции] - те параметры, что будут переданы программе.

Пожалуй, самым важным из них является параметр "-input <входной_файл>", он задает непосредственно входной файл задачи.

В качестве примера возьмем тестовую задачу, расположенную в директории "/usr/local/submit/examples/QuantumEspresso/". Запустим ее на кластере:

/usr/local/submit/submit-quantum-espresso.sh 4 neb.x \
           -input /usr/local/submit/examples/QuantumEspresso/H2+H.in

Обращаем внимание, что <программа> (neb.x) записывается без указания полного пути до нее (он будет добавлен автоматически).

В директории, где была выполнена эта команда, по окончании вычислений будут располагаться файлы вида:

QuantumEspresso.o<id_задачи>
QuantumEspresso.e<id_задачи>

Например,

QuantumEspresso.o48766
QuantumEspresso.e48766 

В этих файлах содержится стандартный вывод программы (собственно, результаты расчетов) и ошибки (если таковые были) соответственно.